L'AJ Auxerre est fondée en 1905. Le club est présidé depuis juillet 2009 par Alain Dujon et est entraîné par Jean Fernandez depuis 2006.
L'AJ Auxerre évolue en première division depuis la saison 1980-1981 et doit son éclosion au plus haut niveau principalement à Guy Roux, personnage emblématique du club, et qui a entraîné l'équipe pendant plus de quarante ans. Il prend en main l'équipe en division d'Honneur et l'emmène jusqu'au titre de Champion de France en 1996. Guy Roux est connu pour la rigoureuse gestion de son effectif mais aussi pour son formidable talent "d'éleveur de champions". Grâce à lui, le club remporte 4 coupes de France (en 1994,1996,2003 et 2005) et 2 Trophée des Champions.
Le club Bourguignon s'est également affirmé comme l'un des meilleurs clubs formateurs de France, pour preuve, les 6 Coupes Gambardella remportées par le club (record de l'épreuve). L'AJA fait également partie des rares clubs français à avoir disputé plus de 100 matches européens, sa meilleure performance restant une 1/2 finale de Coupe de l'UEFA en 1993 (perdue contre le Borussia Dortmund).
L'AJ Auxerre est le seul club Français a être propriétaire de ses installations. Le club évolue au stade de l'Abbé Deschamps, en hommage au fondateur de ce club: l' Abbé Ernest Deschamps.
Le joueur le plus capé de l'histoire du club reste Fabien Cool qui a porté à 461 reprises le maillot bourguignon et le meilleur buteur de l'histoire du club est à ce jour Andrzej Szarmach, avec 100 buts.
De nombreux joueurs ont porté les couleurs Ajaïste ou ont même été formés au club: Bruno Martini, Laurent Blanc, Philippe Mexès, Jean-Alain Boumsong, Basile Boli, Enzo Scifo, Corentin Martins, Yann Lachuer, Djibril Cissé et Eric Cantona.
Actuellement, l'équipe est symbolisée par des joueurs comme Benoît Pedretti, Adama Coulibaly, Ireneusz Jelen ou encore Daniel Niculae.
